开始变法之前，秦孝公召集文武大臣，开会商讨改革方案，结果遭到强烈反对。如果发现了间人而不告发，就要判处腰斩。全国设立41个县，县直属中央。公元前354年，秦国开始出兵小范围的与魏国交战。公元前340年，商鞅率军队大举讨伐魏国。这次大战，秦国向各诸侯国展示了自己强劲的实力。这一年，孝公因病去世。当年被商鞅惩罚的太子的两位老师，指控商鞅企图谋反。
商鞅在秦国推行了19年的变法，他的措施都收到了奇效。后来秦惠文王杀商鞅报了私仇之后，从国家利益考虑，仍然按照商鞅定的变法规则往前走。商鞅虽死，但秦法未败。后来秦庄襄王重用吕不韦为相，除了停止排斥商人和游说之士以外，其余也都延续不变。这些为公元前221年秦始皇统一中国打下了坚定的基础。
商鞅变法可谓惊天动地，中国历史上只此一回。商鞅的主张无比激进。商鞅从来没有考虑过改革要循序渐进这一说。他从政治经济军事文化，社会生活，风俗习惯，价值观念和家庭生活等所有领域全盘出击，他要在短时间内将秦国全盘改变。商鞅变法禁止国民议论，不仅是诋毁变法的人，就令称赞改革的人也一律处罚。商鞅要的就是让所有人彻底闭嘴，朝廷说什么下面就得做什么。如此激进的改革，商鞅竟然成功了。这与秦国旧势力比较小有关，因此没有像李俚在魏国、吴起在楚国变法时遇到极大阻碍。吕思勉说过，秦国开化比较晚，所以当时民众还比较听话。不管怎么说，商鞅变法对秦国来说确实是一次开天辟地的改革运动。以前秦国地处偏远，默默无闻，落后而贫穷。各国都瞧不起他，尤其是受到它的邻国魏国和楚国的欺负。中原大国谈到秦国的时候，都将其称为夷狄。可是经过商鞅19年的变法运动，一个崭新的秦国，一个军事力量强大的秦国，出现在战国舞台上。改变了之后战国时期的政治局面。
我们说商鞅变法的成功离不开他的幕后君主秦孝公的鼎力支持。要知道一次改革，要面临诸多压力，而这些压力都是由他的君主秦孝公来承担。秦孝公的父亲秦献公就曾有志于振兴秦国，可惜壮志未酬。公元前362年，秦孝公即位后，立下宏图大志，不管遇到多大阻力，都要实现秦国霸业。刚刚继位一年，秦孝公就发布命令，在全国范围内征集人才。出生在卫国，后来在魏国任职的商鞅闻声而至。商鞅一直觉得自己怀抱绝世之学，而没有遇到明主。这次他决定到秦国来碰碰运气。商鞅到秦国之后，经过与秦孝公的几次磨合，终于受到充分信任，君臣一心，开始变法。
开始变法之前，秦孝公召集文武大臣，开会商讨改革方案，结果遭到强烈反对。商鞅对秦孝公说，旧制度已经不能富国强兵，就应该废止。高出常人的举动，本来就会遭到世人反对。愚昧的人往往在事情已经发生了之后还没有看明白，而智慧的人在事情还没萌芽的时候就观察到了。因此不能和民众讨论事情的开端，只能和他们享受成功的结果。商鞅又和那些贵族保守势力进行舌战，其中甘龙说，官员和老百姓对于传统的东西都很熟悉，如果非要改变这一切就要大乱，恐怕天下人都要反对。商鞅回答说，夏商周三代的制度，代代不同，却都创立了王业，春秋五霸也是如此。有头脑的人就应该创新，只要有利于国家就可以，不必效法古代。这时候杜挚发言，他说没有百倍的利益就不变法，没有十倍的功效不换器具。我没有看出我们的制度有什么大的问题，我们何必要变法呢？商鞅反驳说，商汤、周武兴起，正因为他们不拘守古法，而殷纣、夏桀的灭亡，正因为他们不改革旧例。经过几个回合的交锋，秦孝公终于下了决心，他任命商鞅为左庶长，直接对孝公负责，草拟变法方案。
商鞅将变法分成两步推进，在公元前359年和公元前350年分别在“战”和“农”两方面实行改革。其中在政治与军事方面:一、实行残酷的连坐制，一人有罪，父母妻子连坐。五家互保，十家相连。大家每天互相监视，互相告发。如果发现了间人而不告发，就要判处腰斩。告发者和斩首敌人一样重赏。二、组建地方政府系统。全国设立41个县，县直属中央。这是秦国实行郡县制的开端，创造了崭新的政治结构。三、废除以前的贵族、官员级别，重新制定20级爵位。四、对敌作战杀死敌人是第一等功劳，立了战功，还赏赐田地。五、用最大的力量奖励战功。凡是没有立过战功的贵族，一律废除爵位。按照战功来确定级别。而且规定被封侯的贵族宗室只是收取食邑内的租税，不管民事。从此领主制度的秦国变成地主制度的秦国。在经济方面:一、推崇农耕，打击商业和知识分子。这里要特别说一下，商鞅把那些游说之士也归入“末流”、“游民”一类，不准许他们进入秦国。与商鞅同时期的古希腊罗马，当时农业也占有经济的很大成分，但由于政府鼓励工商业发展，使得西方民间的商业欣欣向荣，这是早期中国与西方的一个巨大区别。二、开疆垦田。号召民众们在荒野上开辟新的农田。还挖邻国的墙角，让邻国的老百姓也到秦国的土地上来耕种。如此一来，扩大了秦国的人口。三、统一度量衡。在社会生活、风俗习惯以及家庭生活方面:一、严禁私人斗殴。二、强迫民众学习最低限度的礼仪，彻底改变秦国落后的风俗。三、一家有两个成年男子，就要强制分家。四、按照等级尊卑，规定穿不同的衣服。五、焚书坑儒。商鞅时期的焚书给后来秦始皇的焚书坑儒开了头儿。要想把野蛮的秦国，一夜之间改变这么多。商鞅也知道难度很大。于是他想了个办法，在陕西临潼的南门，立了一根木柱。下令说能够把木柱拿到北门的人赏给他10镒黄金。刚开始人们都不信，后来有个小伙子抱着试试看的心态，把柱子拿到了北门。商鞅果然兑现了承诺，这样一来，人们开始信任官府。
那些反对新法的人，故意给商鞅出了个难题。他们唆使11岁的太子驷窝藏罪徒，触犯法律。如果商鞅处罚了太子，无疑会与后世之君结下梁子。如果商鞅假装不知道，那么新法的权威就会大打折扣。商鞅想出了应对之策，他对秦孝公说，太子年幼，而且又是王位继承人，不便施法。于是就惩罚了太子的两位老师，商鞅还训斥了太子，烧掉了太子手中的儒家经典。这件事情为商鞅留下了后患。此事传遍了全国，那些反对变法的贵族都不敢说话了。商鞅又处罚了一批触犯法律的贵族，变法再也没有任何阻碍了。
商鞅掌握大权之后，一直寻找机会攻打魏国，既为秦国报仇，又能够报了自己的私仇。以前魏国的实力强过秦国，他们抢夺了本来属于秦国的黄河以西的地区。当年商鞅在魏国任职的时候，屈于人下。魏国的相国公叔痤临死之前，把商鞅推荐给魏惠王。魏惠王看不起商鞅，因此没有重用他。但是也没有听从公孙痤的话，如果不中用他，就将他杀死。公元前354年，秦国开始出兵小范围的与魏国交战。公元前340年，商鞅率军队大举讨伐魏国。就在一年之前，魏国刚刚与齐国大战，齐魏马陵之战，魏国惨败，魏国大将庞涓被杀。这时魏国还没有恢复实力。这次秦国攻打魏国，魏国大败。被迫将河西大部分土地割让给了秦国，还把国都也迁到了远离秦国的大梁。这次大战，秦国向各诸侯国展示了自己强劲的实力。商鞅为秦国雪耻，秦孝公非常高兴，亲自出迎。也就是这次，秦孝公分给了商鞅15个邑，还赐给了他商君的称号。
公元前338年，秦孝公病危。这时候一个叫赵良的人突然拜访商鞅。赵良说，这么多年你在秦国推行严刑峻法，得罪了不少贵族。每次出门，都带那么多保镖护卫，不就是害怕别人加害你吗？现在国君病危，你还不如趁这个时候主动请辞。把土地还给国家，劝国君重新重用那些贵族。然后找个人稀少的地方安度晚年。商鞅也察觉到了事情不妙，但是又仔细一想，就算按照赵良说的做了。太子就能饶过自己吗？再说自己这么多年为秦国做出了这么大的贡献，说不定太子会有所顾虑。这一年，孝公因病去世。太子即位，是为秦惠文王。当年被商鞅惩罚的太子的两位老师，指控商鞅企图谋反。商鞅跑到魏国边界，魏国不肯接纳他。他又仓促跑回去召集了一小部分人，但最终兵败被捕，处以车裂之刑。商鞅虽然死了，但是他创立的制度并没有被废除。
商鞅变法，很长时间以来，大家对他的评价都是全盘肯定。尤其是后来，“评法批儒”和“批林批孔”的需要，把商鞅抬到了吓人的高度。商鞅确实是一个了不起的人物，但他的一些做法也有不足取之处。比如商鞅推行连坐制，这样残酷的刑罚国民又怎么能受得了呢？还有商鞅彻底压制异见，让所有人闭嘴。这与两百年之前的郑国子产相比，似乎有所不足。商鞅主张愚民，他认为老百姓一门心思把地种好就行，不能读书，不能有知识。从长远来看，这是中国长期停滞不前，创造力贫弱，现代化进展迟缓的重要原因。据后来史学家统计，当时秦国的全部剥削两约占农民总劳动量的4/5。所以当时国家军事实力大大增强，但农民日子并不好过。商鞅的目标，是要在短时间内建立一个军事强国，毫无疑问这一点他做到了。是后来秦国统一之后二世而亡的事实证明，秦朝统治集团残酷压迫的制度是不可取的。
