1754年，阿睦尔撒纳提出要和达瓦齐分治准噶尔，达瓦齐不同意，双方爆发战争，结果阿睦尔撒纳战败，也被迫投降了清朝。1755年，乾隆皇帝决定进兵伊犁，彻底消灭准噶尔汗国。他们认为出兵伊犁就是劳师远征，空耗国力。南疆各部纷纷聚集起来，响应清军的号召，围堵达瓦齐。达瓦齐被押送北京后，乾隆帝赦免其罪，封为亲王，软禁在北京。于是，清军让大和卓到南疆招降，小和卓继续扣留为人质。
公元前60年，西汉在西域设置了西域都护府，标志着西域首次纳入到中国版图之内。到了唐朝灭高昌、西突厥等国，西域再次纳入到了中原王朝版图。然而从唐朝以后，西域已经游离于中原王朝之外近千年。到了清朝，准噶尔汗国崛起了西域，成为了清朝最大的对手。最终，乾隆皇帝消灭了准噶尔，新疆再次纳入到了中原王朝版图之中。
一，准噶尔的内乱，机会到来从1690年噶尔丹东征到1755年乾隆灭准噶尔汗国，清朝和准噶尔打了70年的战争的。在这个过程中，康熙三征噶尔丹将外蒙古纳入版图，“驱准入藏”将青藏高原纳入版图。雍正和准噶尔在漠北进行了拉锯战，最终打成平手，双方打了50年，最终都打不动了，于是选择和谈。
准噶尔盆地
1736年，积劳成疾的雍正帝去世，乾隆即位，继续和准噶尔谈判，最终在1739年达成协议，双方以阿尔泰山作为分界线。随后，乾隆将主要的精力用于内政，将“康乾盛世”推向了顶峰。准噶尔则相反，他在一步步走向深渊。
1745年，准噶尔的第三任大汗噶尔丹策零去世，其次子策妄多尔济那木札尔继承汗位。他只有12岁，昏庸无能，残暴嗜杀，将自己的姐姐囚禁，引发了各部不满。随后的准噶尔汗国在短短的五年内爆发三次内乱。
雍正年间的清朝版图
（1）第一次内乱。1751年，策妄多尔济那木札尔想借围猎之机来杀害长兄喇嘛达尔札，结果自己反被喇嘛达尔札击败，自己被擒获，剜去双目，囚禁于阿克苏。喇嘛达尔札登上了准噶尔汗位。喇嘛达尔札虽然是长子，却是庶出，各部不服，产生了第二次内乱。
（2）第二次内乱。1752年，辉特部首领阿睦尔撒纳、和硕特部首领班珠尔以及达什达瓦等人谋立噶尔丹策零的幼子策妄达什为汗。事情败露后，达什达瓦和策妄达什被杀，阿睦尔撒纳和班珠尔则逃到了额尔齐斯河一带，投靠达瓦齐。
达瓦齐是以前卫拉特盟主巴图尔珲的后裔，在准噶尔汗国是拥有继承权的，也因为这个原因，他遭到了喇嘛达尔札的猜忌。阿睦尔撒纳和班珠尔投靠达瓦齐后，喇嘛达尔札派遣军队去征讨。达瓦齐打算投降清朝，不过道路被喇嘛达尔札阻断，于是三人就逃亡到了哈萨克。随后，喇嘛达尔札派兵3万进入哈萨克，达瓦齐和阿睦尔撒纳又潜回原牧地，收集部众千余人进军伊犁，杀死杀死喇嘛达尔札，自立为汗。
（3）第三次内乱。达瓦齐也是无能之辈，他嗜酒好杀，部众离心。不久，小策凌敦多布之孙纳默库济尔噶尔反叛，准噶尔陷入混乱。这时候，杜尔伯特等部落开始投降清朝，准噶尔出现了分崩离析的状态。1754年，阿睦尔撒纳提出要和达瓦齐分治准噶尔，达瓦齐不同意，双方爆发战争，结果阿睦尔撒纳战败，也被迫投降了清朝。
二，军事奇迹，清军3个月就灭了准噶尔汗国准噶尔内部爆发持续的内乱，这给清朝和俄国都提供了机会。同一时间，俄国和清朝都在制定出兵准噶尔的计划，如果俄国抢先一步，那么新疆就可能永远没有了。1755年，乾隆皇帝决定进兵伊犁，彻底消灭准噶尔汗国。
然而，当乾隆皇帝让大臣讨论此事的时候，满朝文武只有傅恒一人支持乾隆，其他人都害怕出现和通泊之战一样的失败，可谓谈虎色变。他们认为出兵伊犁就是劳师远征，空耗国力。但是乾隆决心已下，哪里肯退让。
陕甘总督永常提出“裹粮进剿”，让军队带足6个月的粮草，一共数万百斤出征。乾隆对此进行了尖锐的批评，他认为现在准噶尔内乱，机不可失时不再来，必须要用“蒙古行走之法”，以轻骑兵进行远距离进攻，速战速决。因此，他只允许士兵带少量的肉干和干粮，除此之外就只能就地补给。
乾隆的计划是两路出击，分别从哈密和科布多出发，原定时间是1755年秋季。阿睦尔撒纳则认为秋季时候，我方马肥，对方也会兵强马壮，不如趁早攻其不备，一战而决后患。乾隆接受了此建议，将出征的时间提前到春季。
1755年二月，清朝的5万大军正式出发了。北路大军从外蒙古出发，主将为定北将军班第，副将为阿睦尔撒纳，一起出征的还有外蒙古的王公、乌里雅苏台的参赞大臣，一共2.5万军队，7万匹马。西路大军以永常为定西将军，萨刺尔为副将，也是2.5万人，7万匹马。两路大军约定在博罗塔拉河（伊犁东北300里)会师，然而直捣伊犁。
乾隆帝在推进过程中采取“以准攻准”，让阿睦尔撒纳和萨刺尔分别带领6000人先行出发，作为先锋，清朝大部分则殿后。阿睦尔撒纳在行军过程中打出准噶尔的国旗，一路上招降准噶尔各部，“各部落大者数千户，小者数百户，无不携酒牵羊以降，兵行数千里，无一人敢抗者”。
伊犁
仅仅用了两个月，清朝两路大军都到达了博罗塔拉河，随后清军向伊犁发动了总攻。乾隆皇帝早已察觉到阿睦尔撒纳的异常举动，下令班第暗中观察其行为，并要求班第一定要抢先攻克伊犁。然而，班第的的速度还是慢了，阿睦尔撒纳抢先攻克了伊犁，又招降大批部众。
达瓦齐则拒绝投降，他带领1万军队退守到伊犁西南的格登山，这里后负山崖，前临泥淖，易守难攻。五月十四日，阿睦尔撒纳和萨刺尔抵达格登山下，在此安营扎寨。晚上，阿睦尔撒纳派遣20多人到达瓦齐军营侦查，结果达瓦齐军以为清军杀到，纷纷逃散。阿睦尔撒纳趁机进军，收降了4000人，达瓦齐带着2000人逃走。
达瓦齐逃到南疆，清军一路穷追，并向南疆各部下达檄文。南疆各部纷纷聚集起来，响应清军的号召，围堵达瓦齐。乌什维吾尔族领袖霍集斯和达瓦齐有一些交情，他接到清军檄文后也立即带领部众在各关口堵截，最终在乌什附近遇到了达瓦齐。达瓦齐的部众不断逃散，现在仅仅剩70多人。霍集斯将他引到城内，用酒肉招待，待到喝醉后就绑起来献给了清军。
如此，准噶尔汗国就宣告灭亡了。清军从出兵到胜利，只出兵5万，用时3个月，在军事上堪称奇迹。
三，西域再次纳入到中国版图战争结束后，乾隆皇帝决定对准噶尔进行分而治之，阿睦尔撒纳被封为双亲王、辉特汗，管理辉特部；车凌被封为杜尔伯特汗、班珠尔被封为和硕特汗、噶勒藏多尔济被封为绰罗斯汗。四部按照蒙古的制度，设置盟旗。如此，就打破了阿睦尔撒纳成为准噶尔大汗的企图，准噶尔汗国正式宣布解体，西域时隔1000年再次纳入到了中原王朝版图。
这里提一下，以前发动青海之乱的罗卜藏丹津投靠了准噶尔，现在也被迫投降了清朝。乾隆皇帝念他曾经平定西藏有功，于是赦免其罪，但是将他软禁在北京，后来转移到蒙古。达瓦齐被押送北京后，乾隆帝赦免其罪，封为亲王，软禁在北京。
为了纪念这次伟大的胜利，乾隆下令在伊犁立下《平定准噶尔勒铭伊犁之碑》和《格登山碑》，以满、汉、蒙、藏4种文字镌刻。两碑是新疆再次纳入中原版图的见证。
但是，乾隆的一系列措施又埋下了隐患。在军事布置上，乾隆将伊犁的军队大量撤回内地，只让班第带领500人驻守伊犁，另外少量军队驻扎在乌鲁木齐。由于清朝在伊犁驻扎的军队过少，使得清军无法对各部的叛乱进行有力的镇压。不久之后，阿睦尔撒纳就发动了叛乱，直到1757年才将之平定。
清军攻克伊犁后，被以前的策妄阿喇布坦囚禁的叶尔羌汗国黑山、白山两派的后裔大小和卓投降清朝，表示“我等情愿带领属下三十余户投降大皇帝为臣仆”，“若荷恩得回故土，情愿招服喀什噶尔、叶尔羌各处人众，同来归顺”。于是，清军让大和卓到南疆招降，小和卓继续扣留为人质。
不久，布拉呢敦带领卫拉特蒙古兵1000人，清军400人进入南疆，在乌什击败黑山派，占领了喀什噶尔和叶尔羌，控制了天山南路。此事标志着南疆地区也纳入到了清朝的版图。
不过，清军忽视了对大小和卓的控制，最终大小和卓在阿睦尔撒纳之乱后也发动了叛乱。最终到1759年，清朝才彻底平定了大小和卓之乱。
尽管西域的局势反复无常，但是清朝此次灭准噶尔汗国依然是彪悍史册的。西域自从唐朝中期（790年）之后就一直被北方的游牧民族占据，先后出现了高昌回鹘、喀喇汗王朝、西辽、察合台汗国、叶尔羌汗国、准噶尔汗国等政权，直到1755年才再次被纳入到中央王朝的版图，中间有了将近1000年的时间。因此，这次远征伊犁，是一次伟大的胜利。
